KONAMI剛剛公布了《合金裝備5：原爆點》的劇情背景，披露了將在這部游戲中出現的部分角色信息。從曝光的內容來看，《合金裝備5：原爆點》和PSP上的《合金裝備：和平行者》有著直接的聯系。且由于“大本營(Mother Base)”的存在，或許在《合金裝備：和平行者》中出現的許多經營素也將在本作中出現。

　　《合金裝備5：原爆點》故事梗概：

　　1975年正是冷戰的緩和時期，越南戰爭即將結束，世界開始在冷戰的陰霾下逐漸復蘇。不過，盡管兩大超級大國之間的對抗趨于緩和，一小支軍事力量卻在此時逐漸在加勒比海地區站穩了腳跟。這是一種新型的軍事組織，一支沒有國籍和故鄉的軍隊。

　　這支軍隊的領袖是神秘的男子“Snake”，以地下形式秘密活動。他們是一群精英雇傭兵，為世界上的許多國家提供服務。隨著他們的名聲水漲船高，他們的資金和力量也開始逐漸膨脹。

　　終于，有傳言稱這個組織已經獲得了核武器。這引起了國際原子能組織的警惕，一支擁有核武器、沒有國籍、沒有明確行動綱領、未在反核擴散條約上簽字的軍事力量，開始讓一些國家如芒在背。國際原子能組織也就此展開了調查。