第一章：Eden Prime

劇情開始于Alliance（地球聯(lián)盟）的巡防艦Normandy號上。
由于Alliance舉薦主角Shepard成為Spectre（不受法律管轄，可以自由在星際間旅行，直接向議會負責的特工），Council（銀河議會）便派其中一位Spectre──Nihlus，來觀察主角是否有成為Spectre的資格。

在與Anderson艦長和Nihlus對話時，突然收到一則緊急求救的訊息，地球的殖民星Eden Prime遭受攻擊。敵方的目的，很可能是想奪取Eden Prime考古挖掘站所挖出的Beacon（信標），這是已消失的遠古外星民族Prothean的科技產品。

Shepard帶著部下Kaidan、Jenkins，與前來監(jiān)督的Nihlus一起前往Eden Prime。
登陸之后，Nihlus說他不跟Shepard他們一起行動，自走自的路去了。
Shepard等人則趕往挖掘站，途中遭遇根本不應該出現在這兒的機械生命體geth攻擊，Jenkins不幸犧牲，但沒時間為他默哀了。
繼續(xù)前往挖掘站的路上，遇到了被geth攻擊的當地駐兵Ashley，拯救她后，Ashley加入隊伍。

一行人最后來到挖掘站，那兒尸橫遍野，但恐怖的事發(fā)生了！原本被刺樁殺死的尸體居然動了起來，并開始攻擊Shepard等人。
消滅這群從惡靈古堡跑來客串的演員后，前行來到Spaceport，遇到因為開小差而逃過一劫的工人，他告訴我Nihlus被一個叫Saren的人暗算殺死了！而且這家伙看來就是攻擊本地的主謀！工人建議我可以搭乘火車追趕他，速度比較快。
向前來到火車上，消滅擋路的geth，啟動火車。

抵達終點站時，發(fā)現一群geth正在安裝定時炸彈，想毀滅證據。
在時限內解決剩下的geth并拆除炸彈，來到車站另一側，Beacon尚未被帶走。
一行人驅前察看，Ashley（使用女角時則為Kaidan）忍不住靠得更近些，此時Beacon發(fā)出奇怪的引力將Ashley吸去。Shepard連忙將她拉開，自己卻被Beacon的引力吸起，奇怪的幻象灌入Shepard腦內。

受這股力量影響，Shepard隨即昏迷過去，醒來時發(fā)現自己已回到Normandy號。
與Anderson艦長交談，告知看到幻象之事，他建議Shepard向議會報告。

第二章：Citadel Station

與Anderson艦長和地球派駐Citadel的大使Udina對話后，兩人先前往議會準備報告之事，并吩咐Shepard自行前往議會所在的Citadel Tower。

走路或利用Citadel各處的傳送點來到Citadel Tower，進入后，在會議廳門口遇到兩個吵架的Turian，其中一個很明顯不喜歡Saren。與之交談后得知他叫Garrus，是Citadel安全部門C-Sec的探員，和他吵架的是C-sec的局長Executro Pallin。Garrus正在調查Saren的不法情事。只是Saren是銀河議會最優(yōu)秀的Spectre，而他手上也沒確實的證據，因此無力扳倒Saren。Garrus祝Shepard好運后便行離去。

繼續(xù)往前走，與Udina大使和Anderson艦長會合，一起向議會報告。不管Shepard如何解釋，議會都不相信Saren已經背叛了他們，會議在不愉快的氣氛下結束。
顯然要說服議會，非有鐵證不可。Shepard想起剛剛遇到探員Garrus，他可會知道什么。Anderson艦長建議我，想找Garrus，可以到Wards區(qū)的Chora's Den找個名叫Harkin的家伙問問看。或者也可以到Financial District找位叫Barla Von的人，他是情報販子Shadow Broker的手下。

小妹是選擇找Harkin。一抵達Chora's Den，就在門外遭遇Saren派來的刺客，解決他們后入內找到Harkin，得知Garrus應該在Wards上層， Dr. Michel執(zhí)業(yè)的Med Clinic；以及Anderson艦長與Saren曾有過節(jié)。

來到Med Clinic，發(fā)現Dr. Michel正被人威脅，幫助她解決這群人后，得知這些人是來逼問日前找她就醫(yī)的Quarian女孩的行蹤，這個Quarian很可能握有Saren背叛的證據，處境岌岌可危。她似乎相信Shadow Broker保護她，但Shadow Broker非常神秘，所以Dr. Michel介紹她去找Chora's Den的老板Fist。此時Garrus指出Fist已經背叛了Shadow Broker，而Shadow Broker則雇用了一個叫Wrex的賞金獵人去殺Fist。對話結束后，Garrus加入隊伍。

到C-Sec Academy，遇見幾個C-Sec探員在和Wrex吵架，向Wrex談話，說明愿與他合作對付Fist，Wrex加入隊伍。

一行人前往Chora's Den找Fist，整個酒館里都是敵人，殺入辦公室，打倒所有啰嘍。Fist向Shepard求饒，供出他提供情報給Saren，現在Saren的刺客已經來殺Quarian女孩了，Shepard必須在時限內找到她。（如果帶Wrex同行的話，對話結束后，Wrex會殺了Fist）

Quarian女孩就在走出Chora's Den大門口不遠的小路（就在傳送到Chora's Den時，接收點右邊樓梯上方的小道上），刺客已經在那兒，幸好Shepard即時到達！解決所有刺客后，Shepard帶Quarian女孩向Udina大使和Anderson艦長說明她的發(fā)現。Quarian女孩自介名叫Tali，目前正在進行該族成年后必須要做的朝圣，在旅行途中無意接收到一段音訊，是Saren和某位不知名女性的對話，內容清楚證明Saren就是攻擊Eden Prime的兇手！此外還得知Saren正在尋找一個叫Conduit（導管）的物品，其目的似乎想讓某種叫Reaper的生物回歸。眾人皆一頭霧水，不知Reaper是什么。Tali解釋，Reaper是某種高度發(fā)展的機械生命體，傳說他們50,000年前曾與Prothean發(fā)生戰(zhàn)爭，消滅了Prothean──至少geth們是如此相信的。至于Conduit是什么，連Tali也不知道，Anderson艦長則猜測它可能是某種武器。對話結束后，Tali加入隊伍。

在Udina大使與Anderson艦長的陪同下，Shepard向議會播放錄音，議會終于相信Saren已成為叛徒，還認出另一個聲音是Asari族的賢者（Matriarch）Benezia。議會下令褫奪Saren的Spectre身分，并任命Shepard為Spectre，他是第一位得到這項殊榮的人類。

Shepard成為Spectre后，Udina大使說他有事要和Anderson艦長私下商量一下，他們先走一步，并吩咐Shepard等一下到Alliance軍艦停靠的碼頭找他。
前往C-Sec Academy，搭乘中央的電梯來到碼頭，Udina大使與Anderson艦長告訴Shepard一個驚喜，Normandy號現在是他的了！

接著對話得知有兩個星球都有關于Saren的線索：Feros和Noveria，或者Shepard也可以去找在Artemis Tau Cluster某處研究Prothean遺跡的Liara T'Soni博士。不管選哪個地方都沒影響，因為這三個任務的順序是可以隨意選的。

Udina大使吩咐Shepard有任何疑問可向Anderson艦長詢問后就走了。與Anderson艦長聊天，得知他原本也曾是Spectre的人選，而派來觀察他是否適任的Spectre就是Saren。一次任務中，Saren害死了許多人，卻在報告書中把錯誤全推給Anderson艦長，Anderson艦長自此與Spectre資格絕緣。

了解這段過去，并詢問一些資訊后，Shepard就登上了Normandy號，展開追捕Saren之旅。

第三章：Find Liara T'Soni

搜尋Artemis Tau Cluster ，在Knossos System找到Therum這顆星著陸。開著Mako沿地圖向前走（小心不要掉到巖漿里），會遇到三個在墻上的炮塔，擊破之后，稍往后退，會發(fā)現一條通往類似營區(qū)之地的歧路。消滅在區(qū)內的敵人，進入貨柜屋搜查，會找到鐵卷門的開關（有兩個貨柜屋內都有開關，一個是通往剛才炮塔處的鐵卷門，是死路；另一個則是通往下個區(qū)域的鐵卷門）。開啟后繼續(xù)前行，來到一處狹小的石縫，看來是無法開車通過，只能下車步行。

打到沿途的敵人，來到挖掘站外面，發(fā)生boss戰(zhàn)，天上的Geth戰(zhàn)艦突然拋下一只Geth Armature，外加一堆敵人。

打倒后他們后進入挖掘站，在最底端發(fā)現困在力場中的Liara，對話得知她在挖掘過程中誤觸Prothean遺跡的保全裝置，動彈不得，但也因此geth無法傷害她。Liara拜托Shepard想辦法放她出去。

對話結束后，沿路走下樓梯，遭遇一批geth，清除之后找到采掘場的雷射裝置。進行小游戲以啟動雷射（難度不高，試試四個鈕不同的排序組合即可破解），右手邊出現通道。前行到底發(fā)現有個開關，啟動后前方的墻會降下，不過Liara在Shepard他們背后XDrz

轉身與Liara對話，會進入動畫將她放下，并發(fā)現采掘場也快要崩塌，與Liara一同搭乘電梯到達上層，遇到Saren派來的蜥蜴人殺手。不管怎么對話他都不相信采掘場要垮了，話不投機，打了再說。打到所有敵人后自動回到船上，詢問Liara關于Prothean文明的事。

Liara說Prothean不但整個種族神秘消失，而且在全族消失后，他們存在過的痕跡也被人刻意抹去。
對話間Shepard提到Reaper，Liara吃驚地詢問Shepard如何得知這個名字，Shepard說是從beacon的幻象中知道的。Liara說這樣就合理了，因為beacon是Prothean用來傳遞訊息的媒介，只是beacon是專為Prothean而設計，因此人類無法充分理解資訊的內容。而Shepard竟然能承受它的資訊而無事，可見Shepard的心靈非常強壯。接著解釋道，她在研究Prothean的過程中，發(fā)現Prothean并不是銀河中唯一一支消失的高文明種族，還有許多在Prothean之前的文明也消失了。因此她的推測，每隔一定周期，就會出現一批人，將高度發(fā)展的文明摧毀。這群人就是Reaper。

說著說著，Liara顯得身體不適，向Shepard告退，會議解散。

自此到第六章為止，每次任務會議結束后都可選擇是否要向議會報告。

第四章：Feros

來到正受geth攻擊的地球殖民星Feros，下船后與士兵談話，他告知此地領袖Fai Dan正等著Shepard。話才說到一半，一群geth出現將士兵殺死。一路清除敵人到地圖底端，與Fai Dan對話，得知此地的Tower正遭受geth攻擊。清除Tower里的geth，接著回去報告Fai Dan，他拜托Shepard前往ExoGeni公司本部（ExoGeni HQ）查看，geth似乎就是從那里過來的。（在此地逛逛可以接到一些支線任務。）

朝ExoGeni HQ前進，中途地道中有個Camp，下車進去和人們談話，Camp的領袖Jeong看到Shepard來到，意外地沒有顯得很高興，而且似乎有些焦躁。
Jeong旁邊的女性態(tài)度則溫和許多，并拜托Shepard尋找她失蹤的女兒Lizbeth。

之后再度上車前進，來到ExoGeni HQ。進入后會發(fā)現一處缺口可以跳進去，在那里遇到一名女子，正是失蹤的Lizbeth。她說大家都在逃命時，她忙著備份資料，結果來不及離開，就被困在這兒了。談話中得知geth之所以攻擊Feros ，可能是為了一種遠古生物Thorian，此外geth在這邊豎了一些障壁，阻礙了出去的路，如果Shepard想要離開，必須先把障壁關掉才行。
接著Lizbeth將她的keycard給Shepard，可以用來打開大部分上鎖的門。

談話結束后遭遇大批Varren，消滅后從附近的樓梯上去，看到一個Krogan Commander正在對電腦VI（Virtual Iintelligence，虛擬人工智慧）的立體投影發(fā)脾氣，因為他想獲得資訊，VI卻說他權限不足。消滅Krogan后與電腦對話，由身上有Lizbeth的keycard，因此VI將Shepard誤認為她。對話中了解到Thorian是活過好幾個Cycle（傳說Reaper每50,000 年出現一次，稱為一個Cycle）的特殊植物，可分泌物質污染、操控有機生命體，并得知ExoGeni公司以活人實驗Thorian的污染機率。繼續(xù)前進，找到geth電腦，玩小游戲（點旁邊的電腦，讓長條在兩個箭頭之間，接著啟動中央的電腦）關掉障壁。

從原本有障壁處走出，遇到Lizbeth。Shepard指出Lizbeth對他說謊，Lizbeth解釋道她曾勸公司不要做活體實驗，但公司卻威脅她敢阻止就要拿她當下一個。她在geth攻擊ExoGeni時曾想發(fā)訊通知Zhu's Hope的人們，然因電力中斷沒有成功。并告知Shepard，Thorian的位置就在Zhu's Hope下方。

回到Camp，Lizbeth與母親團圓，Jeong卻對Shepard和Lizbeth抱持強烈敵意，爭執(zhí)不下只好殺了他了。
繼續(xù)往Zhu's Hope走，遇到遭Thorian操縱的人民，可發(fā)狠殺掉他們；或將Anti-Thorian Gas的upgrade安裝在手榴彈上，投擲后瓦斯可讓他們昏迷。

一路回到Zhu's Hope，在路線底端啟動機器移開前面的路障，此時Fai Dan出現，告知Shepard，Thorian控制了他，要他殺死Shepard，但他絕不愿屈服。語畢，Fai Dan便舉槍自盡！

前行來到一處廢墟，在深處看見龐大的Thorian，一行人吃驚不已。
此時Thorian吐出了一個Asari復制人，操控她與Shepard對話：Thorian是古老的植物，活過Pothrean的時代，見過Reaper毀滅世界，而且它決定要幫Reaper。既然如此，多說無益，只有消滅它了。
一邊消滅Thorian吐出的Asari復制人，和被它操控的手下，一邊打壞它遍布建筑物內的根。當所有的根都被打壞，Thorian也崩壞死去，一個Asari女子現身，并對她自己重獲自由驚奇不已。與她對話后得知，她是Benezia的手下，聽命幫助Saren。Saren為了得到Thorian控制其他生物的物質，因此用她作為交換。但Saren拿到東西后就背叛了Thorian，派遣geth來摧毀它。Asari女人接著解釋，由于Thorian見證過Pothrean的時代，因此它知道Pothrean的思維模式。而她之前被困在Thorian體內，與Thorian精神交流，也了解了它。她并將所得知的一切，利用精神力傳入Shepard腦中。

回到Normandy號上，與組員們開會，報告任務情形。Liara想到，既然Shepard已理解Pothrean的思維模式，而她是研究Pothrean的學者，若在她的幫助下重新檢視beacon傳來的幻象，應該可以知道個中的訊息。在她幫助下，兩人拼湊出Eden Prime的beacon所傳來的完整的影像，但可惜這個beacon受損太過嚴重，訊息還是曖昧不明。

第五章：Noveria

來到Noveria星，一下機不久就因配槍問題和當地警備隊鬧得很不愉快。在行政官秘書Gianna的調停下，Shepard一行人獲準帶槍進入碼頭區(qū)。入境經過柜臺時，得知日前Benezia來到此地，而且目前很可能正在Noveria的Peak 15地區(qū)。在柜臺， Gianna并提醒Shepard，若要駕駛Mako離開碼頭區(qū)搜查，必須先獲得區(qū)域行政官Anoleis的批準。搭電梯下樓后，走到最西北角的行政官辦公室與Anoleis洽談，他拒絕發(fā)給車庫的通行證，雙方不歡而散。離開辦公室時，Gianna叫住Shepard，告訴他Anoleis有點問題，碼頭區(qū)的商人都對他非常不滿，并建議Shepard可以去hotel bar找位叫Lorik Qui'in的人談談看。Lorik Qui'in說他手上有Anoleis貪污索賄的證據，但證據在他所工作的Synthetic Interests office，那兒日前被Anoleis強制關閉了。如果Shepard幫忙偷出資料，他愿意用車庫通行證作為報答。

（這邊需注意選擇I’ll figure something out或They’re crooked才會答應幫忙Lorik Qui'in。答應幫忙后，才能搭乘進入Synthetic Interests office的電梯）

找到Synthetic Interests office的位置，在門口遇到兩名警衛(wèi)，其中一人警告Shepard他不該在這兒。Shepard反詰，我知道你們收了Anoleis錢，所以關閉Synthetic Interests office。警衛(wèi)回答，既然大家都不該來這兒，那么就彼此假裝沒看到好了。雖然打發(fā)了這批警衛(wèi)，但往前走沒幾步，駐守的警衛(wèi)就出現了，隨即爆發(fā)槍戰(zhàn)。之前因為佩槍問題而與Shepard吵架的Kiara Sterling也趕來，將她們全都殲滅。進入辦公室取得證據，正要回去找Lorik Qui'in時，Gianna突然現身，要Shepard等一下到酒吧找她詳談。

來到酒吧找Gianna，她解釋說自己是公司的內部調查員，已經在Anoleis身邊臥底六個月了，希望Shepard能幫她說服Lorik Qui'in做證揭發(fā)Anoleis的惡行。到酒吧說服Lorik Qui'in后，回行政官辦公室，這邊可以選擇與Anoleis談話，向他告發(fā)臥底的事；或是告訴Gianna，Lorik Qui'in愿意做證。小妹是選后者，接下來便出現Gianna逮捕Anoleis的動畫，大快人心！現在可以到garage，駕駛Mako前往Peak 15。

一路殺到Peak 15，這里有個研究站，進入后發(fā)現該區(qū)似乎已遭廢棄。找到電梯上樓來到Security area，遭遇geth和之前沒遇過的外星怪蟲Rachni，一路打打殺殺進入控制室，發(fā)現前方無法前行，但有個通往Memory Core的圓型控制臺可以搭乘。下去破解小游戲（按X、Y、B三個鍵推磚塊，讓Y標志下方的磚塊全部發(fā)光。按A則可跳出）或花費100個omni-gel啟動核心，出現了VI Mira，與她對話后知道Benezia已經離開這里，去了Rift Station，但這里的主反應爐已經被關掉了，所以無法搭乘電車。于是Shepard決定先去修復反應爐。搭乘Mira對面的電梯來到樓上，消滅在該區(qū)的敵人，找到燃料供應機（Landline）將開端關打開。接著下樓，從Mira所在的房間出去，再走左邊那扇門，來到主反應爐所在的房間，消滅敵人后啟動開關，動力恢復。接著回到剛才的房間，走反應爐室對面那扇門，來到通往站臺的區(qū)域。在這里發(fā)現由于往站臺路上上有Rachni，所以通路被Mira封鎖，可以選擇修復消毒裝置消滅他們，或直接命令Mira開門，自己解決這些Rachni。

消滅Rachni后搭電車來到Rift Station，坐電梯下樓，走到Science Station，在那兒遇到Captain Ventralis和他的隊員，他解釋他們在此防堵Rachni傷害一般研究人員。談話中幫他們擊退Rachni，Captain Ventralis賞識Shepard的英勇，給Shepard他的access card，現在可以在研究站里通行了。他并告訴Shepard，Benezia在Hot Lab。前往Hot Labs，與坐在那邊的Yaroslev Tartakovsky談話，得知Rift Station內Rachni的由來，以及可以啟動凈化程序（the purge），用輻射線消滅他們。。

Rift Station的劇情有不同玩法，Hot Lab的劇情可以放到最后再解（不解也無妨，但結束本關搭電車離開時，會有系統(tǒng)提示你尚未消滅本地的Rachni）。
玩家可以先到幸存者所在的區(qū)域，有位醫(yī)生會給制作生化武器解藥的任務（解藥制作小游戲的玩法為按A啟動制藥，當上方長條圖落于兩個三角形中央時，按下螢幕指示的按鍵，進行三次左右便可調出解藥。調制中按B則為跳出取消）；也能和其余幸存者對話，了解更多Peak 15的現況。
其他還有兩種進入secure lab的方法，強行開鎖，與警衛(wèi)敵對；或完成醫(yī)生解藥任務，從維護通道溜進去。

到旁邊的房間與Mira對話，得知啟動凈化程序需要密碼，而密碼在Yaroslev Tartakovsky身上。向Yaroslev Tartakovsky詢問密碼（How do I initiate the purge?），他正要說出密碼時，一個Rachni刺殺了他。打倒Rachni后，在尸體上搜出密碼，向Mira下達凈化命令，在兩分鐘內消滅出現的Rachni，搭電梯離開這兒。

現在事情很明白了：Captain Ventralis說謊！Benezia根本不在Hot Lab，但她應該還在Rift Station的某處，Shepard一定要找到她！搜查的路上，Shepard遇到Captain Ventralis。他告訴Shepard，Benezia下令要他殺了Shepard。消滅Captain Ventralis等人，以及一路上的敵人，來到Secure Labs，Benezia已經在那兒恭候大駕了。進入第一階段Boss戰(zhàn)！打倒她所召喚來的幾批Asari commando和Geth warrior，注意這階段中Benezia本身是無法打倒的，閃躲她的攻擊消滅小兵吧。當Benezia的Power Level降低到一定程度后，她會突然清醒，向Shepard說明她遭到了Saren的操控──正確說是Saren的船Sovereign。從她上船開始，她就慢慢被洗腦，變得六親不認，只聽Saren的命令。雖然現在她短暫清醒了，但她很快地就又會被奪走意志……言及此，Sovereign的力量又控制了她，第二階段Boss戰(zhàn)開始，要先打小兵或先打Benezia都可以。戰(zhàn)斗后進入對話，得知Saren正前往Mu Relay，接著可選擇要殺死Benezia或讓她自我了斷。

Benezia死后，靠近查看關著Rachni Queen的玻璃箱，一個倒地的Asari commando突然遭到操控。Rachni Queen以這個方式對Shepard說，她的族人很久以前被消滅了，現在她們的后代又被改造，被迫與人類和外星人戰(zhàn)斗。她懇求Shepard消滅這些不幸被改造的Rachni，并保證她與其他Rachni們將不會再危害銀河。Rachni Queen詢問Shepard會讓她走，還是殺死她，讓Rachni再度消失于宇宙？ 作出決定后，回到上層搭乘電車，自動傳送回Normandy號。

第六章：Vermire

當前面三個任務完成兩個后，接獲訊息得知日前曾有支salarian 調查隊在Vermire發(fā)現有關Saren的線索，詳細內容不清楚，建議Shepard到那兒調查看看。

到達Vermire后開著Mako一路向前殺，關掉分布在Vermire的AA tower的動力。小心有的路旁有斷崖（深色水域），不要掉下去了。

來到salarian調查隊的營區(qū)與Kirrahe隊長會合，他告訴Shepard，他們發(fā)現Saren正在培育一支krogan大軍，必須趕快阻止才行。
這消息令Wrex非常震驚，因為krogan族在議會下令salarian對他們使用生化武器genophage后，嬰兒的夭折率非常高，正日漸走向滅絕。如今Saren手上有解藥，可以拯救Wrex的族人，Shepard卻要和salarian一起摧毀它，這令Wrex非常不能諒解。Shepard向Wrex解釋，Saren可不是要救krogan族，被Saren培育出的krogan們只是聽令于他的奴隸，Wrex難道希望自己的族人變成那樣嗎？Wrex聽了之后冷靜下來，說道他相信Shepard，愿意繼續(xù)觀察看看。（如果威嚇或魅力的數值不夠，無法說服Wrex的話，就只好殺了他了。之前如果有完成Wrex個人找尋家傳裝甲任務的話，據說這里威嚇或魅力要求會比較低）

與Kirrahe隊長說話，他稱贊Shepard居然能說服身為krogan的Wrex，并說salarian 調查隊要派一支小隊從后方突擊Saren的基地，而Shepard方面則負責到基地內安裝核彈。此時需選擇Ashley或Kaiden陪同突擊隊一起執(zhí)行這個危險的任務，隨玩家之前與他們相處的情形不同，對話也不同。

談定之后，與salarian們兵分兩路，殺入Saren的大本營。首要任務是找出那兒的地對空的火力裝置（AA gun），并關掉它。
來到Saren的基地，在隊友的幫忙下解開門鎖進入。前行到Cell Block B，遇到一個被關起來的salarian，他說Saren利用牢房中的裝置對他洗腦，他快受不了了，哀求Shepard放他出去。決定是否要釋放salarian后，找路到樓上的實驗室，遇見一個krogan博士和他的手下。消滅他們往前走，在Security Office遇到一個Asari女人，和她對話后，她會解鎖后方的電梯。
搭乘電梯下樓，在那兒發(fā)現了一個beacon。這次由于Shepard的的思維模式已類似Prothean，所以看清了全部影像。雖然我看不出和之前的影像有何不同……

此時Sovereign的立體影像現身，原來它就是Reaper的一員！
Shepard詢問Sovereign為何Reaper要消滅有機生命的種族，他說Reaper是機械生命體，他們每50,000 年就飛出黑暗空間來“收割”有機生命文明一次。他們渴求有機生命的“變數”，所以他們建造Citadel和Mass Relay（質量傳送裝置），讓銀河系的成員發(fā)現、利用，好令科技朝著Reaper需要的方向發(fā)展。Shepard說不管Reaper有多強，有機生命體絕不愿坐以待斃，一定會阻止你們。Sovereign聞言惱羞成怒地跑掉了，而且很沒品地派了Saren和其他手下過來。此時面臨抉擇，要援助Kaiden還是Ashley，不管選哪邊都會遇到Saren。

Shepard質問Saren明知Reaper要殺死銀河系內的所有成員，為何還要助紂為虐。Saren反駁道Reaper是機械生命體，思維模式也是機械，他相信只要順從Reaper，證明自己的存在對Reaper有價值，就可以保全自己的性命。
Shepard駁斥說事情沒那么簡單，Saren被Sovereign洗腦了還不自知！Saren聞言信心動搖，但仍不愿棄暗投明，還說他是在拯救全宇宙，Shepard要是聰明人，也該乖乖聽話，當Sovereign的仆人。接著他便攻擊Shepard。將Saren的血量打到剩一定程度，就會觸發(fā)劇情：正當Shepard被Saren攻擊，危及性命之時，炸彈的開關被觸動了，發(fā)出了警告聲。Saren立即飛離，Shepard僥幸撿回一命。接著Joker及時趕到，載走了Shepard和其他組員，炸彈爆炸，Kaiden或Ashley其中一人犧牲。

回到船上后，Liara指出Vermire發(fā)現的beacon很可能和Shepard在Eden Prime發(fā)現的相同。經由她的幫助，將兩個beacon的訊息拼湊起來，終于得知完整資訊，了解了Conduit就在Ilos星，這也解釋了為何Saren要前往Mu Relay，因為Ilos正位于其中。

第七章：重訪Citadel

短到不能再短的一章。應該是給玩家最后一次回到“完好”的Citadel的機會，有支線任務還沒接，或需要交差者請把握。（此時也會有一些新支線可以接，有興趣不妨逛逛）

完成Vermire的任務后，銀河議會召回Shepard，對他努力表示肯定，同時也開始動員艦隊。但當Shepard要求派軍隊到Ilos，議會反對這個要求，因為Ilos所在的Terminus Systems，并不屬于銀河議會管轄，并駁回Shepard獨自追擊的提案。
接著議會指責Shepard對Reaper的看法只是幻想，世界上根本沒有Reaper，這東西只有他自己的幻覺中看過，并責怪Shepard在Vermire使用核武的行為。
而Udina大使為了討好銀河議會，好使自己更有機會當上議會的人類代表，竟扣住了Normandy號。
Shepard對Udina的背叛憤怒不已，但也無可奈何。

離開議會后接獲訊息，Anderson艦長在Wards區(qū)最上層的賭場Flux等Shepard，有事與他商量。
到達該地后，Anderson艦長表示他知道Normandy號遭扣留的事，Shepard大吐苦水。接著Anderson艦長說，他能讓Shepard再度搭乘Normandy號追捕Saren。Anderson艦長將入侵官方電腦，解除扣住Normandy號的固定裝置，但這一定很快就會被發(fā)現。所以當Anderson艦長入侵電腦時，Shepard和組員都要在船上，趁扣鎖一開立即啟航。Shepard擔心Anderson艦長會因此惹禍上身，Anderson艦長則道，為了拯救宇宙，他個人的利害微不足道。接著要Shepard選擇入侵議會電腦或入侵Udina的電腦，差別只在過場動畫不同。
前往碼頭，登上Normandy號后會自動引發(fā)劇情，飛向Ilos星。

第八章：Ilos

開著Mako降落Ilos，只見Saren帶著一票geth + krogan軍隊進入地底通道，并將鐵甲門關上，顯然是要另覓入口了。朝鐵甲門所在的相反方向前進，消滅敵人后搭乘電梯到上一層，推進到該層底端，發(fā)現另一個電梯，但無法搭乘。稍為退回一點，發(fā)現有斜坡可上，走到最上層發(fā)現一臺電腦，啟動后出現一個模糊不清的投影，所說的訊息也模糊不清。同伴驚訝地發(fā)現Shepard聽得懂投影所說的話，因為投影說的是Prothean的語言，他們聽不懂。不過資訊內容太模糊了，沒什么幫助。此時原本無法通行的電梯已可搭乘，搭乘它回到原本的樓層，折回鐵甲門處，門已經開了。

駕駛Mako向前進入通道，一直前進。走到一半時，突然前后都出現了障壁，無法行走。眾人下車進入旁邊墻上的小門，來到一臺電腦前，一個自稱名叫Vigil的人工智慧投影現身。Shepard訝異Vigil竟然會說他們的語言，Vigil解釋道，因為Shepard的思維已變成類似Prothean的模式，因此當他一來到Ilos，Vigil就已藉由與其大腦的溝通，理解了他們的語言。接著指出，他知道銀河公民們以Citadel為首都，因為Prothean也是這樣。Citadel并不是Prothean所造的，而是在此之前很久便已存在，是Reaper的陷阱。不管Citadel外面的防御多強也沒用，因為Citadel本身即為一個未啟動的Mass Relay，而Citadel內的Keeper則是Reaper的內應，50,000 年前，就是它們在接收到Reaper的訊息后，啟動Mass Relay，使黑暗空間內的Reaper大軍長驅直入。當Prothean發(fā)現這個陷阱時，已經太慢了。Reaper們攻入了Citadel，殺死了那里所有的人。而即使人們不在Citadel，或逃離了Citadel，這些人在哪里、往哪里去的資訊都在Citadel，因此可以說無處遁逃。

但雖然Prothean不知道Citadel的圈套，但在此之前，Prothean文明末期，他們已經研究出Mass Relay的制造方法，以及Keeper的秘密。所以他們就仿造了一臺迷你的Mass Relay原型，即Conduit。不過由于是原型機的關系Conduit只能做單向旅行，即從Prothean的秘密研究基地Ilos，跳到Citadel大廳里的那臺Mass Relay紀念地標（一開始大家都以為那是裝飾品）。

Protheans的這個Conduit計劃，在50,000年前并沒有被Reaper發(fā)現。就Vigil的說法是與Conduit計劃內容在攻擊發(fā)生時就被毀了，所以當所有的Prothean所屬星系被逐一攻陷時，遙遠的Ilos獲得了保全。但在此處秘密研究基地的Prothean研究團隊，也因此孤立無援。

為了用有限的資源保存最多的人口，Prothean研究團隊決定進入冬眠狀態(tài)來節(jié)省能源，渡過Reapers肆虐的年代，然后留下來人工智慧Vigil來管理Ilos基地。但Reapers肆虐的年代超過他們的預期，所以Vigil只好逐一關閉非重要人員的冬眠艙，最后只留下核心的十幾名科學家的冬眠艙維持運作。

等到Vigil判定Reapers“應該”已經回到黑暗空間后，它喚醒了還活存的Prothean科學家。他們醒來后評估目前情形，知道Prothean已算是全滅了，只靠十幾個人，不能回復整個族群，但他們知道他們對付Reapers還有最后兩著棋。其一就是傳送回Citadel，修改Keeper與Citadel之間的訊號接收關系，讓Keeper不再對看守者Reaper傳送給Citadel的訊號有反應。這樣一來，Reaper無法取得Citadel（Mass Relay）的控制權，就無法連通開啟黑暗空間的方便之門，也無法召喚它的同伴。

其二就是幸存的Prothean科學家啟動的原本散布銀河各處的beacon，
試圖告知其他幸存的Protheans（假設有的話），要他們要Ilos來了解如何破解Reaper的收割循環(huán)。幸存的Prothean科學家以為只有“有機體”才能了解這個信標的內容，所以即使發(fā)送出去被Reaper截收或發(fā)現，應該可能性很低，不料這一代的看守者Reaper在發(fā)現傳送給Citadel－Keeper的控制訊號無效后，很聰明又很有耐心吸納為它做事的人（Saren不過是最近的一個）四處調查， 終于讓它發(fā)現Conduit計劃的存在。
所以它要Saren用Conduit直接取得對Citadel（Mass Relay）的控制權，用以開啟Dark Space的通道。

Shepard詢問Vigil是否知道Reaper為什么要每隔一段時間就來毀滅有機生命體，Vigil說Reaper是另一個空間的異生物，難以理解，而且Reaper為何如此做不重要，重要的是現在他們又來摧毀我們了。Vigil指出，雖然當年Prothean沒辦法阻止Reaper，但Shepard等人卻還有機會拯救世界，要Shepard快趕到Conduit的所在地，利用它傳送到Citadel，阻止Sovereign和Saren。語畢Vigil關掉障壁，繼續(xù)推進到通道底端，終于看到Conduit。同伴訝異這個遠古科技竟然保存得這么好，但現在不是贊嘆的時候了，在時限內邊閃躲炮火邊沖向前方平臺，沖入Conduit后直接被傳送到Citadel。

回到Citadel后，發(fā)現那兒已遭攻擊，趕往議會所在的Citadel Tower，搭乘電梯前往會議廳。想不到中途電梯故障，將一行人困住。Shepard帥氣地打破電梯的玻璃外殼，戴上面罩就直接跳出去了。接下來是單一路線，沒有歧路；一路殺到底，會發(fā)現有艘Geth船艦在噴灑毒藥，擋住了去路，而且無法攻擊它。
該區(qū)的左半部有三個炮塔，開啟炮塔后方的開關（有的可能需要一定的技能值，但至少會有一座是能開的），讓炮塔來擊墜它。繼續(xù)血腥的旅程，趕到Citadel Tower的會議廳，Saren正在那兒操縱電腦，引導Sovereign進入Citadel。
Saren告訴Shepard，盡管Shepard在Vermire對他說的話，一度動搖他對Sovereign的信心，但現在他已不再懷疑。看來和Saren是沒話好談了，為了拯救宇宙，就麻煩他納命來吧！打倒Saren之后，他的尸體也掉到了樓下，Joker來訊，這里可選擇要不要救議會。小妹選擇要救，于是人類大軍浩浩蕩蕩地出發(fā)了。Shepard并拜托隊友下樓確認Saren是否真的死了。毫不意外地，原本死得不能再死的Saren又活啦！并且變成機械生命體的第二型態(tài)，最終boss果然都要來一下型態(tài)變化……

在狹小的空間與Saren展開最后死斗，打倒他后，人類大軍也擊敗了Sovereign和他的軍隊。議會感謝Shepard與人類英勇無私的奮戰(zhàn)，并請Shepard推薦銀河議會中的人類代表，可以選擇推薦Udina大使還是Anderson艦長。議會采納Shepard的推薦后，表示一切終于都結束了。Shepard則持相反的看法，這一切才只是個開始，Sovereign之后還有更多Reaper將入侵我們的宇宙，更艱苦的戰(zhàn)役正等待著他們……